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該校奉准於民國八十六年八月一日更名為「台灣科技大學」，遂調整組織架構，將各系依不同專長之歸屬，區分為五個學院：工程學院、電資學院、管理學院、設計學院及人文社會學院，並於87年8月1日工程學院正式成立開始運作。迄今已進入第八個年頭，在前任林榮慶院長及現任歐章煜院長相繼領導下，該院已具規模逐步的和國內外一流的大學並駕齊驅。

　　工程學院下有二個獨立所：自動化及控制研究所、材料科技研究所，及四系（含碩士班、博士班）：機械工程系、高分子工程系、營建工程系、化學工程系。四系中機械工程系及營建工程系有在職進修班。該院另設五個研究中心及七個工程研究群，分別為微感測中心、微細製造研究中心、能源研究中心、纖維科技中心、軌道系統研究中心、燃料電池研究群、生醫工程研究群、智慧型機器人研究群、綠建築材料及其應用技術研究群、智慧建築與永續技術研究群、永續綠建材技術研究群、機器人劇場之技術研發與實現研究群。此外，工程學院亦負責督導材料科技研究中心及自動化及控制中心的業務。而院級跨系所的學程為軌道系統學程（大學部及研究所）、微系統與元件製造學程（研究所）、生物醫學工程學程（研究所）、自動化及控制學程（大學部）、材料科技學程（大學部）、環境工程學程（大學部）及影像顯示科技學程(大學部及研究所)。目前，院級的跨系所學程已有數百位學生正式選修相關課程，且已有520位學生領到學程結業證書。